Poszczególne moduły systemu Neptun Edu funkcjonują w oparciu o wspólną, jednolitą bazę danych. Wymiana informacji między modułami odbywa się w sposób automatyczny i nieintencjonalny, czyli poszczególne moduły korzystają ze wspólnych informacji bez konieczności jakiegokolwiek eksportu i importu danych.

Zastosowana technologia gwarantuje jednorodność danych, bez konieczności wielokrotnego wprowadzania tych samych informacji w różnych modułach. Jednolitość bazy danych wpływa znacząco na wygodę i komfort pracy, np. poprzez płynne przełączanie się pomiędzy modułami systemu.